2021-12-16 Travailler avec R studio dans une image Docker sur Synology

Les bases à ne pas oublier...

Se logguer sur le NAS

ssh frederic-admin@factory.lecat.link -p4687

Dockerfile

FROM rocker/rstudio:latest

RUN apt-get update -qq && apt-get -y --no-install-recommends install \ libxml2-dev \ libxt-dev \ libjpeg-dev \ libglu1-mesa-dev \ libcairo2-dev \ libsqlite3-dev \ libpq-dev \ libssh2-1-dev \ unixodbc-dev \ && install2.r --error \ --deps TRUE \ shiny \ shinyWidgets \ shinydashboard \ plyr \ dplyr \ knitr \ tibbletime \ anomalize \ anytime \ tidyverse \ DT

Build de l'image Docker

sudo docker build -f Dockerfile.R -t image .

dans un terminal :

docker run -d -p 8888:8787 --name image -e USER='rstudio' -e PASSWORD='password' -e ROOT=TRUE rocker/rstudio:4.0.5

root@Lecat-Cloerec:~# sudo docker ps CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES 50aa25fc12c3 rocker/rstudio:4.0.5 "/init" 2 hours ago Up 2 hours 0.0.0.0:8888->8787/tcp Rstudio

dans un navigateur :

http://192.168.1.240:8888/ ou de l'extérieur http://factory.lecat.link:8888/

copie d'un fichier

depuis le NAS vers Docker

root@Lecat-Cloerec:/volume1/Commun/Travail/Frederic - synology/M2# sudo docker cp 21-03-19.csv image:/home/rstudio/data

attention pour éviter le permission denied faire un : sudo chmod 777 file en s'étant au préalable placé dans le bash du container Docker

depuis le Docker vers le NAS

sudo docker cp Rstudio:/home/rstudio/data/gddebat.csv .

pour se placer dans le bash sur le container Docker (ici nommé "image")

sudo docker exec -it image bash

Dans R, le répertoire racine est /home/rstudio

rsync -e "ssh" -avz --no-recursive * freebox@192.168.1.1:/Disque 1/Enregistrements/